一、仪器基本信息
仪器型号：X-CUBE
生产厂家：Molecubes
购置时间：2022.04
所属技术服务部：实验动物技术服务部
放置位置：第五实验楼6楼603
管理人员：李增民 13970775604 欧阳经鑫 15797670813
仪器应用：Molecubes CT 为桌面式小动物CT成像设备，应用于（1）活体（in vivo）: 研究对象为小鼠和大鼠（仅限低于180克体重），可以实现活体解剖学显像研究。与临床相似，活体小动物CT也能够进行呼吸/心跳门控和显影剂增强扫描；（2）离体（ex vivo）: 研究对象是离体标本（如骨骼、牙齿）或各种材质的样品。也可以使用凝固型造影剂灌注活体动物，对组织器官进行精细成像。
二、仪器操作流程
小动物断层扫描（CT）仪器操作说明
1、开电脑（开电脑前先确保通过小动物呼吸麻醉机进行动物的完全麻醉，麻醉步骤详见小动物呼吸麻醉机使用指南，小动物放入“工作站（动物床）”或“仪器”前将麻醉气体阀门先开“Chamber”，待动物完全麻醉后，关闭Chamber”再拨开“工作站（动物床）”和“仪器”麻醉阀门，在动物床上进行保定粘贴， 再从动物床转移至仪器,将动物口鼻紧贴麻醉面罩管口，维持麻醉状态，并注意观察，严防苏醒逃逸！）
2、Molecubes CT软件快速操作手册
（一）扫描参数设置
1）点击Molecubes软件中的CT标志，进入CT scan扫描界面
2）输入实验信息，点击右下角next，进入下一操作界面
3）点击protocol标志，进入protocol selection对话框
4）在protocol selection界 面 中 ， 选 择 要 使 用 的 扫 描protocol(GP\Highthrought\high resolution等),点击save。若要自定义扫描参数，则选择custom选项，点击进入custom protocol selection界面
5） custom protocol selection界面如下：已建立好的自定义的拍摄程序会在列表中，若用以前已定义的，则直接选择，点击select。若要新建扫描程序，则点击create.
6）此时列表中出现custom protocol 0，Save一栏为No字样。单击选中custom protocol 0，点击EDIT，进入下一界面：create custom protocol
7）在create custom protocol中，填入合适的参数，点击Save。
各参数意义：
Number of exposures:曝光数量
Rotation time per 360 degree:360度旋转的时间
X-ray tube peak voltage: X-ray球形管的峰值电压
X-ray tube current: X-ray球形管电流
Exposure time per projection:每次投影的曝光时间
Number of rotations:旋转的数量，基本选1
与图片分辨率相关的参数：Number of exposures，X-ray tube current，数值越高越好，但是不能超过括弧中数值范围。
注：scan type中有两个选项，continuous以及step。Continuous是指成像时CT检测器是持续转动的，可能会稍微造成图片糊一点。Step是指检测时检测器是拍完一个位置再到另一个位置，图片稍微会清晰一点，但拍照时间会长。以实际经验，这两个状态下，图片分辨率差异不是太大。一般都是选择continuous.
8）设置完参数后，点击软件界面左下角的CHECK
。进入check界面。
9）下图左侧为check界面，中值最好在10000-12000之间，如现在图中中值是14652，属于过曝状态，因此需要再重新调整自定义参数，再check。若无问题，则点击右下角ok。
10）点击create custom protocol界面右下角的save.回到custom protocol selection界面，在name下拉菜单中选择要使用的参数，点击select。
11）在之后的界面中点击save.
12）在对话框中选择Scan,则CT开始扫描。图中红色框中位置显示拍摄参数， 可看到剂量（Dose）、时间。
13）CT在扫描开始时，动物床会自动进入扫描舱，门会关闭，X-ray射线打开 时，CT外侧的灯会变为红色，同时软件右上角会显示x-ray on字样。扫描结束后，床位会自动弹出，CT周围的指示灯闪烁蓝光，待床位稳定弹出， 指示灯变为白灯。此时可取下动物床。
（二） 数据重建
1）软件界面左侧，选择reconstruct（也可在扫描前选择Scan & reconstruct，时间较长），点击右下角刷新按钮 ，再点击左下角的加号。
2）在弹出的对话框中选择要重建的数据，点击右下角的NEXT按钮。
3）在弹出的对话框中选择重建参数，选择好后点击save，则重建开始。
Algorithm type:算法类型，Iterative（迭代重建）、Analytical。
Isometric voxel size:体素，200um,100um,50um,对于扫描区域大的实验，体素 只 能选择200和100um重建，对于小区域的扫描实验（location扫描），重建可选择200，100和50um。对于50um重建，要 保证FOV小于1个bedposition(<38mm)
Noise reduction:只能在Iterative重建模式下使用。不过一般不使用这个功能，所以选择 no noise reduction.。
Molecubes数据备份操作步骤
CT数据备份
打开Finder(访达)/Document（文档）/volume文件夹下的xcube
/data文件夹，找到自己命名的数据文件夹，右键，选择拷贝，拷贝到自己的移动硬盘内（建议用1T以上的硬盘）。
注：data文件下的所拷贝走的文件夹内，包含Dicom文件，若要查看定量分析影像，只需打开Dicom文件即可。
打开Horos软件找出已重建数据的操作步骤
在Finder(访达)中已经提前熟悉自己的数据所存储的路径后，打开Horos软件，找出自己的.dcm文件（根据上面显示数据重建出的时间找），若上面没有，通过import导出。
，
在自己所建立的文件夹找出以“重建时间_CT”自动生成名字的文件夹，点击后找到文件名为“recon_0”的子文件夹，点击，找出后缀为.dcm的文件备份或导出。
三、仪器注意事项
1、建议实验人员，做完实验后并进行重建后，当天备份数据。请将桌面数据及时保存，中心每隔3个月将清除数据，释放内存，防止卡顿。
2、有时找不出
，说明脚本运行需更新，应及时联系管理员，找工程师更新脚本。
3、苹果电脑和安卓系统很多不同。例如要备份数据可点击右键选“拷贝”，再在目标位置点击“粘贴项目”。不要点“复制”，复制是在原文件夹备份一份。
4、定期进行质控（quality control）
附：小动物呼吸麻醉机使用指南（小动物活体成像仪或小动物断层扫描CT机所附带的关键部件）
工作原理：气体麻醉的基本原理是氧气与麻醉气体（异氟烷等）混合后，经过麻醉面罩供给小动物吸入进行麻醉。吸入式麻醉相较于传统注射麻醉具有精准可控、代谢毒性小、苏醒迅速、操作方便、符合动物福利等优点，大大提高了动物手术的成功率，被全球科研工作者广泛认可和应用。
使用步骤示图：
注意事项：
实验后操作当麻醉实验完成后，请按以下步骤进行操作：
1)将蒸发器刻度盘旋至“0”刻度；
2)按下快速充氧按钮，以便清除麻醉诱导盒中的麻醉气体；
3)关闭空气泵开关，拔掉电源；
4)仔细清洁麻醉机诱导盒及面罩（清除诱导盒内的鼠粪便和污渍），填写使用登记表。
