实验动物中心于2012年建成，总面积2100M²，总投资约1200万元，根据中华人民共和国国家标准《实验动物 环境及设施》（GB 14925-2010）设计。经江西省实验动物质量监督检测站检测，实验动物楼各项环境指标均优于设计标准，并通过了江西省科技厅组织的专家评审，获得了《实验动物使用许可证》(许可证号为：SYXK（赣）2023-0004)。

根据科技部《实验动物管理条例》和《江西省实验动物管理实施细则》的要求，学校成立了由校领导、教学管理部门、动物实验服务部门和实验动物科技人员组成的“赣南医学院实验动物管理委员会”和“赣南医学院生物医学研究伦理委员会”。实验动物中心制订了各项管理制度和标准操作流程（SOP）。

实验动物中心主要职责为保障学校及附属医院教学、科研实验动物的供应，向全校及附属医院的提供屏障环境、开放环境，计划在后期开始提供基础动物实验技术服务。实验动物中心现有教职工9人，其中高级职称1人，博士研究生2人，硕士研究生4人。

中心分为三层，一楼为普通动物（家兔、豚鼠等）饲养区和神经生物学平台、办公区和辅助区（环境质量检测室视、频监控、机房和仓库等）；二、三楼为屏障系统，用于清洁级或SPF级大（小）鼠繁殖和实验，二、三楼每层楼总面积700M^2，、屏障环境440M²，配备有恒温恒湿净化通风系统、IVC笼具、超净工作台、双扉高压灭菌锅及其它各种维持洁净环境所需的设备。实验动物中心对所有进出实验动物、物品和人员进行严格控制，申请新进项目组的实验方案，新进实验动物需提供《实验动物生产许可证》、《实验动物检疫合格证》和《实验动物质量合格证》，对所有进入的物品进行消毒，所有进入屏障系统的人员需要穿戴防护服和按照标准操作流程开展动物实验。